Reconocido por la prensa como "el fenómeno gastronómico más importante en el panorama mundial en los últimos tiempos", frecuenta las páginas de medios como Omnivore, Le Figaro en Francia, Brutus, Cuisine Kingdom en Japón, El Comercio y La República en Latinoamérica y las norteamericanas Time o The Observer.
En 2005 la Guía Michelín concede a Mugaritz su segunda estrella (le otorgó la primera en el año 2000).
En 2006 entra directamente al décimo puesto en la lista de 'Los 50 mejores restaurantes del mundo' y desde entonces se mantiene en el top ten de la misma. Asimismo, la Guía Repsol le otorga la máxima calificación de Tres Soles.

Ese mismo año el periodista Denny Lee, del The New York Times, afirma en un reportaje sobre Donostia y sus alrededores que "si la gastronomía es como una aventura, Mugaritz ofrece un paseo emocionante".

En 2007 el científico y escritor californiano Harold McGee presenta en Mugaritz su último libro La cocina y los alimentos, prologado por Andoni Luis Aduriz, y considerado la biblia de la gastronomía.

En febrero de 2009 la guía Carnet de Route Omnivore 2009 otorga el título de 'Creación del año 2009' al plato 'Flores, flores, flores' de Mugaritz.

La madrugada del 15 de febrero de 2010 un cortocircuito provocó un grave incendio en la cocina de Mugaritz, por lo que el restaurante estuvo cerrado cuatro meses. Tras el fuego, el equipo recibió miles de muestras de solidaridad de todo el mundo, lo que le dio fuerza para seguir adelante con el proyecto.

En abril de 2012, la editorial británica Phaidon Press publica Mugaritz - A Natural Science of Cooking primer libro monográfico en inglés sobre Mugaritz. El universo Mugaritz desde sus entrañas, un análisis profundo de la metodología utilizada, junto con un compendio de las últimas recetas de Mugaritz. Este libro es editado en versión castellana y holandesa ese mismo año.

En este mismo año, Andoni Luis Aduriz recibe el premio "Chef's Choice Award" otorgado por los propios compañeros de profesión que completan la lista de los mejores restaurantes del mundo. Así mismo, recibe el prestigioso premio Eckart Witzigmann, que distingue la contribución de ideas y reflexiones al mundo de la cocina y la alimentación, uniéndose así a una lista de figuras premiadas como Ferrán Adrià o Günter Grass, entre otros.

Por primera vez en su historia, Mugaritz inicia en octubre de este mismo año, el asesoramiento gastronómico a un restaurante ajeno a los fogones de su cocina: Abadía Retuerta Le Domaine, situado en un enclave único de la meseta castellana, entre viñedos y al amparo de una abadía románica.

Mugaritz destaca por su actividad innovadora y creativa en colaboración con firmas e instituciones que, en principio, no tienen que ver con el ámbito de la gastronomía, participando en proyectos culturales, editoriales, de investigación, y de desarrollo de producto.

Mugaritz trabaja junto con AZTI Tecnalia desde el año 2005 consiguiendo, entre otros logros, publicar la primera revista científica de gastronomía (Internacional Journal of Gastronomy & Food Science), ha desarrollado junto con Guzmán Gastronomía - Sole Graells, la marca de productos Mugaritz Experiences, y trabaja y colabora con otras empresas en proyectos de investigación bajo el paraguas de programas nacionales (CENIT, ...).

Algunas de las inquietudes y proyectos se han recogido en distintos formatos, desarrollando desde Mugaritz una intensa labor en el ámbito editorial, siendo autor o coautor de los siguientes libros:

- La joven cocina vasca (1996). Ixo editorial
- El mercado en el plato (1998). Ixo editorial
- Tabula Huevo (2000). Ixo editorial
- Foie Gras (2002). Ixo editorial
- Tabula Bacalao (2003). Montagud editores
- Clorofilia (2004). Ixo editorial
- Txikichef (2006). Hariadna editorial.
- Bestiarium Gastronomicae (2006). Ixo editorial
- Tabula 35 mm (2007). Ixo editorial
- Diccionario Botánico para Cocineros (2007). Ixo editorial
- La botánica del deseo (2008). Prólogo de la edición en castellano del libro de Michael Pollan.
- Las primeras palabras de la cocina (2009). Ixo editorial
- Los Bajos de la Alta Cocina (2009). Ixo editorial
- El Dilema del Omnívoro (2011). Prólogo de la edición en castellano del libro de Michael Pollan.
- El Gourmet Extraterrestre (2011). Editorial Planeta.
- Larousse Gastronomique (2011). Editorial Larousse. Edición revisada y prologada por A. Luis Aduriz.
- Innovación abierta y alta cocina (2011). Ediciones Pirámide
- Mugaritz - A Natural Science of Cooking - (2012). Editorial Phaidon Press / RBA / Kosmos
- Cocinar, comer, convivir (2012). Ediciones Destino.
- Las recetas de mi casa (2013). Ediciones Destino.